Výkonnější procesor, výkonnější grafické jádro, vetší rozlišení fotoaparátu a to 12Mpx, rozšíření operační paměti RAM na 2GB, displej doplněný o technologii 3D touch, další barevná varianta Rose Gold, to jsou jen ve zkratce hlavní přednosti a vylepšení oproti modelu iPhone 6

Hlavními vylepšeními je nový operační systém iOS 9, procesor A9 s 64-bitovou architekturou s grafickým čipem M9 pro výpočty na pozadí (barometr, akcelerometr, kompas, gyroskop apod), 12 MPx fotoaparát s technologií Focus Pixels a 4,7" dotykový IPS Retina displej s rozlišením 1 334×750 bodů, který přináší jemnost 326 ppi.

Natáčení ve 4K rozlišení při 30 snímcích za sekundu, je tady i tzv. Slow Motion Video, které je schopno pořizovat videa v HD rozlišení (1 280×720 bodů) až při 240 snímcích za sekundu. Režim časo sběrných videí. Fotoaparát iPhonu 6S má oproti předchozímu modelu rozlišení 12 MPx.